Les collections romaines figurent parmi les premières acquisitions du musée. Elles sont aujourd’hui disposées dans la Galerie Daru, dans les anciens appartements d’été d’Anne d’Autriche et ainsi que dans un ensemble de salles périphériques à la Cour du Sphinx dont l’aménagement n’a pas été pensé de manière globale depuis les années 30. Le projet vise à redéfinir une nouvelle scénographie dans des espaces restaurés ou repensés avec des aménagements plus cohérents avec la muséographie et l’attente des visiteurs.

Naturellement, les appartements d’Anne d’Autriche sont restaurés : marbres au sol, stuc mural ainsi que les magnifiques fresques de Romanelli retrouvent leur éclat. La Cour du Sphinx qui était devenu une salle de musée à la lumière blafarde retrouve son statut de cour : la verrière est étendue latéralement et les nouveaux vitrages permettent de voir le ciel et d’améliorer le confort thermique, le dallage assoit de nouveau les façades de Le Vau par un traitement plus rustique et plus foncé, les parois murales accueillent partiellement des doublages acoustiques ou des supports de muséographie diminuant la minéralité de l’espace. Ses salles périphériques qui avait été minéralisées et assimilées à des extérieurs sont retravaillées comme des galeries intérieures : elles retrouvent des sols plus riches avec des compositions géométriques colorées intemporelles, les revêtements muraux en stuc pierre disparaîssent au profit de peintures, les fausses voûtes sont déposées au profit de la la restauration des anciens plafonds.

Une mezzanine est proposée en évocation d’un entresol disparu afin d’augmenter les surfaces d’exposition et révèle l’ambition du maître d’ouvrage d'apporter une dimension contemporaine à la muséographie dans un cadre patrimonial révélé. Le projet mêle ainsi la restauration des espaces nobles du palais du XVII ème siècle à la requalification des espaces du XIXème siècle du musée, mais transformés lourdement au XXème siècle avec des contraintes de sûreté, climatiques et environnementales fortes.